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ChIP-Seq是將染色質免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）與二代測序相結合的表觀遺傳研究技術，能夠高效地在全基因組范圍內對DNA和蛋白的相互作用進行檢測，通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。
ChIP-seq Assay Kit for Histone Methylation（Laboratorytalk，2016）
1. 定制化分析策略：根據不同測序方案和測序目標，定制化選擇比對算法、Peak Calling算法以及注釋用數據庫區域信息；
2. 強大的自研能力：擁有已發表的自主開發Peak Calling算法（Wang et al., BMC Bioinformatics, 2010）和定位注釋系統以及一系列下游分析工具；
3. 全面的數據庫整合：不斷更新基因組數據庫并進行多數據庫多版本整合，獲得準確的Peak定位信息與注釋；
4. 強大的組學聯合分析能力：將ChIP-Seq與甲基化測序、轉錄組測序以及全基因組測序等技術進行結合，將單一的蛋白結合數據更進一步拓展。
注：前期免疫共沉淀（ChIP）實驗需客戶自主完成，烈冰提供測序和數據分析服務。
ChIP DNA樣品要求：
1. DNA總量≥20ng，濃度≥1ng/μL（Qubit檢測），體積要求20-100μL；
2. OD260/280介于1.8-2.0之間；
3. Agilent 2200質檢合格，DNA樣本主峰范圍在100-500bp；
4. 電泳檢測無明顯RNA污染，基因組條帶清晰、完整，無降解；
5. 送樣時請標記清楚樣品編號，管口使用Parafilm膜密封；
6. 樣品保存期間切忌反復凍融；
7. 送樣時請使用干冰運輸。
1. 細胞交聯固定：甲醛處理細胞，將目標蛋白與染色質連結起來；
2. DNA超聲打斷：將基因組DNA打斷至100-500bp；
3. 免疫共沉淀：添加與目標蛋白特異性結合的抗體，形成免疫沉淀復合物；
4. DNA片段回收：去交聯，純化DNA；
5. 文庫構建：PCR擴增構建文庫；
6. 上機測序：烈冰建議使用Hiseq或NovaSeq測序平臺，數據量6Gb。
堿基質量結果圖
注：左圖橫坐標代表堿基位點，縱坐標代表堿基質量值，不同顏色曲線代表不同堿基在每條read上的質量值；右圖橫坐標代表堿基位點，縱坐標代表堿基含量比值，不同顏色曲線代表不同位點各堿基含量。
DNA mapping結果圖
注：左圖為reads在基因組上的比對情況；右圖為reads在染色體上的分布情況，灰色柱子表示每條染色體上堿基數占基因組的比例，綠色柱子表示比對到染色體上reads的堿基數占基因組的比例。
peak數量及其在基因結構上的分布情況
Twohig JP et al., Nat Immunol, 2019
注：左圖為不同分組peak在基因組結構上的占比情況，右圖為不同分組peak的總數量。
特定轉錄因子結合motifs的富集情況
Twohig JP et al., Nat Immunol, 2019
注：MEME與STAMP/Jaspar軟件共同對STAT1和STAT3預測出來的binding Motif。
GO分析結果
Zhang QT et al., Theranostics. 2019
注：左圖為下調基因所顯著富集的GO條目（Top 10），右圖為上調基因所顯著富集的GO條目（Top 10）。
ISL1靶基因處peak分布情況
Zhang QT et al., Theranostics. 2019
注：該圖展示了ISL1靶基因附近H3K4me1、H3K27ac和ISL1的peak分布情況，箭頭表示結合的peak。
基因間相互作用關系網絡
Gao et al., Cancer. 2015
注：Profile1、2、4基因集間基因互作網絡圖。
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